Στο Τμήμα Ένταξης φοιτούν μαθητές/τριες  με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες , για ορισμένες μόνο ώρες την εβδομάδα. Στα Τμήματα Ένταξης μπορούν να φοιτούν και μαθητές/τριες χωρίς γνωμάτευση από διαγνωστικό φορέα (ΙΠΔ, ΚΕΔΔΥ), μετά από τη σύμφωνη γνώμη του Σχολικού Συμβούλου Ειδικής Αγωγής.

Η εκπαίδευση στο Τμήμα Ένταξης διαφοροποιείται ανάλογα με την εκπαιδευτική ανάγκη των μαθητών/τριών που φοιτούν σ? αυτό. Βασίζεται στην άτυπη εκπαιδευτική αξιολόγηση που κάνει ο/η δάσκαλος/α της ειδικής αγωγής, λαμβάνοντας υπόψη και τις προτάσεις των εκπαιδευτικών της γενικής τάξης, αλλά και τη διάγνωση που προέρχεται από ιατροπαιδαγωγική υπηρεσία ή από το ΚΕΔΔΥ  και η οποία, μεταξύ άλλων, βασίζεται και σε ψυχο-διαγνωστικά τεστ.

Η άτυπη εκπαιδευτική αξιολόγηση περιλαμβάνει τη διδακτική αξιολόγηση που αφορά όχι μόνο στην αξιολόγηση του/της μαθητή/τριας, αλλά και στην αξιολόγηση του διδακτικού περιβάλλοντος που διαμορφώνεται από παράγοντες της τάξης, της διδασκαλίας και των διδακτικών υλικών και μέσων. Με βάση την εκπαιδευτική αξιολόγηση, τις εισηγήσεις και προτάσεις του ΚΕΔΔΥ, καθορίζονται οι εκπαιδευτικοί στόχοι και σχεδιάζεται το εξειδικευμένο πρόγραμμα του/της μαθητή/τριας από τον/την εκπαιδευτικό του Τμήματος Ένταξης. Ο/η εκπαιδευτικός του Τ.Ε. πρέπει να συνεργάζεται με τον/την εκπαιδευτικό της τάξης, ώστε να υπάρχει σύνδεση μεταξύ του κοινού και του εξειδικευμένου προγράμματος ως προς το περιεχόμενο και τον τρόπο υλοποίησής του.

Η διδασκαλία στο Τμήμα Ένταξης μπορεί να γίνεται «ένας προς έναν», μεταξύ εκπαιδευτικού και μαθητή/τριας ή να λαμβάνει χώρα σε ολιγομελείς ομάδες μαθητών/τριών. Στο Τμήμα Ένταξης χρησιμοποιούνται πάρα πολλά εποπτικά μέσα και εναλλακτικοί τρόποι μάθησης, όπως παιδαγωγικό παιχνίδι, δραματοποίηση, μάθηση με υπολογιστή, διδασκαλία με χρήση αντικειμένων. Η διδακτέα ύλη επιλέγεται και διαμορφώνεται από τον/την εκπαιδευτικό του Τ.Ε. μετά από τροποποιήσεις και προσαρμογές σε εγχειρίδια και στο υλικό που έχει συγκεντρώσει (βιβλία, ασκήσεις, κάρτες, κ.τ.λ) και δε διατάσσεται κατά τάξη, βαθμίδα ή ηλικία, όπως συμβαίνει με το Εθνικό Αναλυτικό Πρόγραμμα, αλλά οργανώνεται σύμφωνα με τις ανάγκες του/της κάθε μαθητή/τριας (εξατομικευμένο πρόγραμμα). Κάποιες φορές ο/η εκπαιδευτικός του Τ.Ε. χρησιμοποιεί το υλικό της γενικής τάξης, όπως το βιβλίο του/της μαθητή/τριας και το τετράδιο ασκήσεων, για να βοηθήσει το/τη μαθητή/τρια να καλύψει τα «κενά» του και να φτάσει το επίπεδοπου απαιτείται από το Α.Π. της Γενικής Τάξης όπου φοιτά. Άλλες όμως φορές χρησιμοποιεί εντελώς διαφορετικό εκπαιδευτικό υλικό, όπως λίστες για γρήγορο διάβασμα, ασκήσεις ανάγνωσης για κατανόηση, ασκήσεις για τονισμό, για ορθή γραφή, κ.τ.λ.